自收自支事业单位退休公务员去世后，其抚恤金、丧葬费的支付可能受以下特殊情况影响：
1. 单位改制过渡期：若单位正处于改制为企业的过渡阶段，人事和财务管理制度尚未理顺，抚恤金、丧葬费的支付部门可能暂时不明确。此时需待改制完成，依新单位性质和隶属关系确定支付部门，可能导致支付延迟。
2. 特殊贡献或荣誉：若退休公务员生前获国家级、省级等特殊荣誉称号或有重大贡献，部分地区可能有额外抚恤金补助政策。此时除常规支付部门外，还可能涉及民政部门或荣誉授予部门，家属需额外咨询申请。
3. 跨地区调动或隶属关系变更：若退休公务员有跨地区调动经历，退休时隶属关系复杂，原单位与现单位、原属地与现属地相关部门可能对支付责任产生争议。家属需提供详细调动证明和隶属关系材料，以便协调确定支付主体。
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自收自支事业单位退休公务员去世后，家属在申领抚恤金、丧葬费时可能面临以下法律风险：
1. 支付主体不明确：如某自收自支事业单位因经营不善濒临破产，财务部门以经费不足为由拒付，财政部门又认为其自收自支性质费用不应由财政承担，家属将陷入困境，无法及时申领应得费用。
2. 政策理解偏差：家属主张按公务员最高标准领取抚恤金，支付部门却以单位自收自支性质为由，主张按较低企业标准发放，双方政策适用分歧若无法解决，家属可能无法获得合理抚恤待遇。
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自收自支事业单位退休公务员去世后，其抚恤金、丧葬费的支付部门，法律依据可参考《国家机关工作人员及离退休人员死亡一次性抚恤金发放办法》。
《国家机关工作人员及离退休人员死亡一次性抚恤金发放办法》第三条规定：“国家机关工作人员及离退休人员死亡，一次性抚恤金发放标准为：烈士和因公牺牲的，为上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍加本人生前40个月基本工资或基本离退休费；病故的，为上一年度全国城镇居民人均可支配收入的2倍加本人生前40个月基本工资或基本离退休费。”
该办法虽未直接明确支付部门，但通常公务员抚恤金、丧葬费支付主体与其工资来源相关。自收自支事业单位退休前工资由单位自行承担，退休后若单位仍正常运营且有经费，一般由单位支付；若单位因改制等原因无法支付，结合《公务员法》第七十七条“公务员因病或者非因工死亡的，其家属享受国家规定的抚恤和优待”，此时可能由接收单位或财政部门按政策衔接承担支付责任，以保障家属权益。
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自收自支事业单位退休公务员去世后，其抚恤金、丧葬费的支付部门，需结合单位性质及资金来源确定，具体如下：
1. 单位具备独立经费来源和支付能力且内部财务管理制度明确时，通常由该退休公务员生前所在自收自支事业单位负责支付。因单位经费主要依靠自身经营收入，费用一般由单位自行解决。
2. 若单位已改制为企业或整体并入其他财政拨款单位，且原单位不存在或无独立支付能力，抚恤金、丧葬费可能由接收人员管理的新单位或当地财政部门按具体政策支付。此时原单位性质和管理主体变化，支付责任相应转移。
3. 若当地政府对自收自支事业单位退休人员抚恤待遇有统一规定，明确由社保基金或特定财政专项资金支付，则按当地政府规定的部门执行。部分地区可能将此类人员相关待遇纳入统一社会保障体系或财政保障范围。

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